Структура базы данных для виртуальных биологических коллекций

от

А.М. Лях

 Институт биологии южных морей имени А.О. Ковалевского РАН, РФ, г. Севастополь, пр. Нахимова, 2

E-mail: me@antonlyakh.ru

DOI: 10.33075/2220-5861-2019-3-29-34

УДК 57.062:004.043:351.852.15

Реферат:

   В работе описаны основные функции коллекционной информационной системы (КИС) и предложена структура коллекционная база данных (БД), с которой система взаимодействует. Прежде всего очередь КИС сообщает разнообразную информацию о конкретных биологических объектах. То есть предоставляет весь объем доступных данных о хранимом организме, полученный разнообразными методами и приемами. Такой обширный объем материала необходим для обеспечения потенциальных исследований в будущем. Помимо этого КИС описывает степень сохранности и способ хранения коллекционных образцов. Эти данные характеризуют достоверность признаков хранимого объекта и пригодность образца для дополнительных исследований. Наконец, КИС выдает данные о таксонах привязанные к пространственно-временным координатам.

   Для поддержки данных функций КИС предложена соответствующая структура коллекционной БД. Она состоит из трех основных взаимосвязанных таблиц. Первая –таксономическая таблица. Она содержит информацию о дереве и названия таксонов. Вторая – таблица с препаратами. Она включает сопроводительную информацию о каждом коллекционном препарате. Третья – таблица с экземплярами, которая хранит подробную информацию о коллекционных экземплярах. С главными таблицами связаны вспомогательные таблицы: с молекулярно-генетическими данными, с морфометрическими данными, с изображениями и описаниями организмов. Поля всех таблиц делятся на универсальные и специфические: универсальные подходят для описания любого коллекционного материала, а специфические предназначены для данных о конкретных коллекциях или группах организмов. Для уникальной идентификации коллекционных препаратов и экземпляров используются семантические коллекционные номера.

   Описанная структура коллекционной БД используется в виртуальных коллекциях ФИЦ ИнБЮМ: collections.marine-research.org.

Ключевые слова: база данных, биологическая коллекция, таблица с таксонами, таблица с препаратами, таблица с экземплярами, коллекционный номер, информационная система.

Полный текст в формате PDF

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ: 

  1. Биологические исследования сегодня и завтра. Материалы Российской конференции с международным участием «Передовые практики и перспективы использования зоологических коллекций» // Зоологические исследования. 2018. № 20. 200 с.
  2. Спиридонов В.А, Цетлин А.Б. Ресурсы коллекций морской биоты: сохранение и перспективы // Зоологические исследования. № 20. С. 196–197.
  3. Towards a global collection description standard / N. Raes, E. van Egmond, A.B. Casino [et al.] // Biodiversity Information Science and Standards. 2019. 3: e37894.
  4. Лях А.М. Уникальные семантические номера экземпляров биологических коллекций для баз данных // Системы контроля окружающей среды. Севастополь: ИПТС.   № 2 (36). С. 43–50.
  5. Шаталкин А.И., Галинская Т.В. Роль номенклатурных типов в практике описания новых видов согласно Международному   кодексу   зоологической  номенклатуры Зоологические исследования. 2018. № 20. С. 163–168.
  6. Алексеев Д.О. Портреты головоногих моллюсков. Атлас прижизненных окрасок головоногих моллюсков. М.: ВНИРО, 2013. 202 с.
  7. Фадеев И.В. Атрибуция предметов зоологических коллекций по косвенным признакам // Зоологические исследования. 2018. № 20. С. 200.
  8. Лях А.М., Лелеков С.Г. Модульная структура таксономической базы данных // Электронные информационные системы. 2018. № 2 (17). С. 59–70.
  9. Электронная коллекция паразитов рыб Мирового океана Института морских биологических исследований им. А. О. Ковалевского / Е.В. Дмитриева, А.М. Лях, Ю.М. Корнийчук [и др.] // Морской биологический журнал. 2016. Т. 1, № 3. С. 27–31.
  10. Stevenson J. Ecological assessments with algae: a review and synthesis // Journal of Phycology. 2014. 50 (3). P. 431–461.
  11. Васильев А.Г., Васильева И.А. Популяционная мерономия, фенотипирование и популяционные музейные коллекции. Зоологические исследования. 2018. № 20. С. 31–35.
  12. Astrin J.J., Zhou X., Misof B. The importance of biobanking in molecular taxonomy, with proposed definitions for vouchers in a molecular context // Zookeys. 2013. 365. P. 67–70.

Loading