Уникальные семантические номера экземпляров биологических коллекций для баз данных

от

 А. М. Лях

 Институт морских биологических исследований им. А.О. Ковалевского РАН (ИМБИ), РФ, г. Севастополь, пр. Нахимова, 2

E—mail: me@antonlyakh.ru

DOI: 10.33075/2220-5861-2019-2-43-50

УДК 57.062:004.043:351.852.15

Реферат:

   Для качественного анализа биологической компоненты окружающей среды необходимо сохранять найденные экземпляры в биологических коллекциях. Чтобы обеспечить доступ к экземплярам и информации о них используются уникальные коллекционные номера. В работе описаны правила формирования данных номеров, которые содержат краткую информацию об экземплярах биологических коллекций.

   Номер состоит из префикса организации, префикса коллекции и семантической компоненты с метаданными о коллекционном экземпляре. Для обозначения номеров ИМБИ (ИнБЮМ) используется префикс ibss, а для различения коллекций следующие префиксы: meib – коллекция мейобентосных организмов; amph – коллекция амфипод; prs – коллекции морских паразитов.

    Cемантическая компонента номера состоит из четырех позиций. Первая – это порядковый номер коллекционного образца. Образцы в пределах каждой коллекции нумеруются последовательно. Вторая – аббревиатура таксономической или экологической группы организмов. Третья позиция семантической компоненты идентифицирует вид. Предложено два варианта конструирования видового идентификатора. В одном, идентификатор вида – это уникальный тридцатишестиричный буквенно-цифровой код. В другом – это двух-трехбуквенная аббревиатура, построенная из родового и видового эпитетов. Четвертая позиций обозначает типовой статус и колличество экземпляров этого вида. Типовой статус – это буква: h – голотип, p – паратип, a – аллотип, v – ваучерный экземпляр. За ней записано количество экземпляров данного типового статуса.

   Номера используются в коллекциях Института морских биологических исследований: marineparasites.org и collections.marine-research.org.

Ключевые слова: коллекционный номер, таксономическая база данных, вид, типовой экземпляр, ваучерный экземпляр, семантические данные.

Полный текст в формате PDF

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ:

  1. Лях А.М., Лелеков С.Г. Модульная структура таксономической базы данных // Электронные информационные системы. 2018. № 2 (17). С. 59–70.
  2. Таксономические информационные системы Института морских биологических исследований / А.М. Лях, С.Г. Лелеков, Ю.Н. Токарев [и др.] // Электронные информационные системы. 2016. № 1 (8). С. 52–62.
  3. Laibe C., Le Novere N. MIRIAM Resources: tools to generate and resolve robust cross-references in Systems Biology // BMC Systems Biology. 2007. № 1: 58.
  4. Clark T., Martin S., Liefeld T. Globally distributed object identification for biological knowledgebases // Briefings in Bioinformatics. 2004. Vol. 5 (1). P. 59–70.
  5. Guralnick R., Conlin T., Deck J., Stucky B.J., Cellinese N. The trouble with triplets in biodiversity informatics: a data-driven case against current identifier practices // PLoS One. 2014. 9 (12): e114069.
  6. Schindel D.E., Miller S.E., Trizna M.G., Graham E., Crane A.E. The Global Registry of Biodiversity Repositories: A Call for Community Curation // Biodiversity Data Journal. 2016. 4: e10293.
  7. Juty N., Le Novere N., Laibe C.org and MIRIAM Registry: community resources to provide persistent identification // Nucleic Acids Research. 2012. 40 (Database Issue). D580-D586.
  8. Электронная коллекция паразитов рыб Мирового океана Института морских биологических исследований им. А.О. Ковалевского / Е.В. Дмитриева, А.М. Лях, Ю.М. Корнийчук [и др.] // Морской биологический журнал. 2016. Т. 1, № 3. С. 27–31.

Loading